Oppbevaringen kan gjøre det nødvendig med skriftlige rutiner for lagerarbeid, emballering, samlagring, mengdebegrensninger, avlåsing osv. Håndtering av kjemikalier omfatter også håndtering av kjemisk avfall og transport av kjemikalier. Farer ved samlagring bør vurderes særskilt. Håndtering kan blant annet innebære spesielle behov for personlig verneutstyr, sikkerhetsutstyr og opplæring av personell.
Det bør ikke oppbevares større mengder kjemikalier i arbeidslokaler enn dagsbehovet.
Beholdere med farlige kjemikalier bør holdes lukket for å unngå luftforurensning og brannrisiko, og de må ikke plasseres i eller nær rømningsveier. Arbeidsgiveren må vurdere om særlig helsefarlige kjemikalier skal oppbevares innelåst. Sikkerhetsdatabladet gir informasjon om tiltak for sikker oppbevaring. Lagerrom for kjemikalier bør være mekanisk ventilert.
Kjemikalier bør sikres slik at uvedkommende ikke får tilgang til disse. Kjemiske stoffer eller stoffblandinger klassifisert som farlige etter forskrift 16. juni 2012 nr. 622 om klassifisering, merking og emballering av stoffer og stoffblandinger (CLP) bør oppbevares innelåst. Dette innebærer at skap, rom osv. hvor slike kjemikalier oppbevares, bør holdes låst unntatt ved inntak eller uttak av kjemikalier.
I lageret bør det bare utføres arbeid som har tilknytning til lagerholdet, med mindre risikovurderingen viser at annet arbeid ikke kan medføre helsefare.